Hệ vi sinh vật tại âm đạo rất phong phú, gồm cả vi khuẩn có lợi và có hại chung sống hòa bình, không gây bệnh, trong đó Lactobacillus sp (chiếm khoảng 50 - 80%) chuyển hóa glycogen thành acid lactic làm cho môi trường âm đạo có tính acid, duy trì giá trị pH cân bằng (3,8 - 4,5) - gọi là pH sinh lý của âm đạo.